Um novo membro da Organização Negra que encolheu o corpo de Shinichi consegue descobrir sobre a transformação de Shinichi em Conan. Esta descoberta começa a colocar aqueles ao seu redor…

Em um mundo alternativo, mas misteriosamente similar ao nosso, o Japão perdeu a 2.º Guerra Mundial… não aos americanos, mas para a Alemanha nazista. O país então caiu num estado…