2027 d.C. Um ano após o final IV Guerra Mundial “não nuclear”, uma bomba foi detonada na cidade de Newport, matando um grande traficante de armas que poderia ter ligações com a misteriosa organização 501. O oficial de segurança pública Daisuke Aramaki contrata Motoko Kusanagi – uma hacker habilidosa e com o corpo totalmente cibernético para investigar, mas Batou acredita que Kusanagi é uma criminosa. Já o detetive Togusa, da prefeitura de Niihama está investigando uma série de assassinatos de prostitutas que ele acredita que estão relacionadas com o incidente. O tenente-coronel Kurtz da organização 501 também deseja manter um olho em Kusanagi.