Na história, a humanidade perdeu muito do seu terreno desenvolvido devido ao aquecimento global na primeira metade do século 21. Então, uma “Fleet of Fog” carregado com super armas começa…

História original, que ocorre após os eventos do primeiro filme.

Fate/Prototype é uma versão resumida do projecto original do Nasu (criador do anime). Isto é, esta OVA representa a história e personagens que ele ponderou usar no Fate/Stay Night.